Dotacje w ramach programu Czyste Powietrze można łączyć z termomodernizacyjną ulgą podatkową. Odliczenie w ramach ulgi przysługuje w wysokości 53 000 zł na podatnika, niezależnie od liczby posiadanych nieruchomości. Korzystając z dotacji i ulgi należy pamiętać że:
- odliczeniu w ramach ulgi nie podlegają wydatki sfinansowane lub dofinansowane z dotacji,
- w przypadku gdy, po wcześniejszym skorzystaniu z ulgi termomodernizacyjnej, beneficjent otrzymał zwrot odliczonych wydatków w formie dotacji, jest zobowiązany doliczyć odpowiednio kwoty poprzednio odliczone od dochodu za rok podatkowy, w którym otrzymał ten zwrot.